1995-1997

Les Verts doivent absolument réagir après avoir évité la relégation grâce à un coup de chance la saison précédente (voir l'article "1993-1995"). Pour cela, Elie Baup va faire du tri dans l'effectif. L'effectif Stéphanois va connaître 8 nouveaux joueurs et en perdre 7. Parmi ces départs, Laurent Blanc rejoint Auxerre. Les Verts perdent donc un élément essentiel de leur équipe. La première partie de saison va être assez mauvaise avec 19 points en 19 matchs, soit 1 point par match. Les hommes d'Elie Baup vont notamment s'incliner 4 à 0 face au PSG et 2 à 1 dans le derby face aux Lyonnais. Les Stéphanois sont 16èmes à l'issue de cette première partie de championnat, mais l'objectif est réussi puisqu'ils sont à ce moment maintenus en première division. Elie Baup sera remplacé le 25 février 1996 par Maxime Bossis, qui sera lui-même remplacé par Dominique Bathenay  à la suite de mauvais résultats le 1er Mars 1996. En coupe de la Ligue, les Verts vont éliminer les Bordelais en s'imposant 5 à 4 aux tirs au but après un match nul 1 à 1. Les Bordelais arriveront cette saison en finale de l'UEFA et seront à leur tour traumatisés par le Bayern de Munich.Ils s'inclineront effectivement 5 à 1 sur la double confrontation. Après cela, les Stéphanois se retrouvent face aux Marseillais en 8èmes de finale. Ces derniers vont surclasser les Verts en s'imposant 2 à 0 (il ne faut pas oublier que ces derniers évoluent en seconde division à cause de l'affaire OM-VAFC). En coupe de France, les Stéphanois vont d'abord éliminer aisément Saintes en s'imposant 5 à 0. Ils vont ensuite se faire éliminer par les crocodiles de Nîmes en s'inclinant 3 à 1. La seconde partie de championnat ne sera pas glorieuse pour nos Verts, qui prendront seulement 15 points en 19 matchs (cela est relativement bas en sachant qu'une victoire vaut depuis quelques saisons 3 points). Les Stéphanois s'imposeront par contre 2 à 0 face aux Bordelais. Cette très mauvaise saison fera que les verts n'échapperont pas à la descente et évolueront donc la saison suivante en seconde division. Les Stéphanois finissent 19émes avec 34 points ,soit le même nombre de point que le 20 ème: Martigues. Le meilleur buteur Stéphanois sera Didier Thimothée avec 10 buts. L'affluence à Geoffroy-Guichard sera de 14 727 spectateurs en moyenne, ce qui est assez mauvais.C'est donc la saison des enfers pour les Verts qui descendent en seconde division.

1996-1997

Lors de cette saison, la direction complète va changer. Tout d'abord, Michel Vernassa va se faire remplacer par Philippe Koehl, qui devient donc le président du club. Dominique Bathenay va lui se faire remplacer par Pierre Mankowski. Au niveau de l'effectif, cela va être l'arrivée d'un certain Jérémy Janot qui arrive en tant que doublure de Grégory Coupet. C'est aussi l'arrivée de Jean-Luc Sassus venu tout droit du rival Lyonnais. Grégory Coupet va aussi faire son départ lors du mercato hivernal, ce qui va permettre à Jérémy Jeannot de jouer 14 matchs. Les Verts vont réaliser une bonne première partie de saison avec 33 points en 21 matchs soit 1.2 points par match. Les Stéphanois sont 6èmes à l'issue de cette première partie de championnat et espèrent viser la montée. En coupe de la Ligue, les joueurs de Pierre Mankowski vont venir à bout d'Amiens (0 à 0 puis victoire 6 à 5 aux tirs au but). Ils vont malheureusement se faire éliminer par Strasbourg en 16èmes de finale en s'inclinant 3 à 0. En coupe de France, les Stéphaois vont se faire sortir dès le premier tour de la compétition par Aurillac, club de nationale 2. Ils s'inclinent 4 à 2 aux tirs au but après un match nul (1 à 1). En seconde partie de saison, les Verts vont avoir plus de mal en prenant seulement 17 points en 21 matchs. Cette seconde partie de saison va faire que les Verts vont chuter à la 17ème place du classement avec 51 points. Le meilleur buteur Stéphanois sera Samba N'Diaye avec 19 buts. L'affluence à Geoffroy-Guichard sera plus basse que jamais, avec une moyenne presque divisée par deux: elle sera de seulement 7 787 personnes. C'est donc une saison moyenne pour les Verts, qui finissent 17èmes après avoir été 6èmes tout au long de la première partie de saison.