1945-1946

Pour cette saison, le championnat retrouve les mêmes équipes qu'en 1939 mais avec quelques petites modifications. Les verts réalisent un recrutement presque parfait avec de très bons joueurs de l'époque tels que Kader Firoud, Guy Huguet ou encore Graciosio Bennachio. Ignace Tax reste aux rennes de l'équipe et maître Perroudon lui à la direction. En championnat, les Stéphanois évoluent avec des clubs encore familliers aujourd'hui, et notamment le RC Lens, l'Olympique de Marseille ou encore le Racing club de Strasbourg. Les verts font un bref parcours en coupe Charles Simon en s'inclinant en 64èmes de finale face à Annemasse sur le score de 1 à 0. En championnat, les Stéphanois surprennent en finissant 2èmes à seulement 2 points du titre.Les verts réaliseront de belles victoires avec notamment une victoire 4-0 face au Lyon OU ou encore une victoire 4-1 face à l'Olympique de Marseille. Ils s'inclineront aussi malheureusement 6-0 face au RC Lens. Ils réaliseront également une bonne affluence avec 10 000 personnes en moyenne à Geoffroy Guichard ! 

1946-1947

Après une bonne saison 1945-1946, l'objectif est de montrer la puissance des Stéphanois et de s'imposer un peu plus en 1ère division. Le recrutement est cette saison assez équilibré. Malheureusement, Antoine Cuissard décide de rejoindre Lorient en deuxième division à ce moment-ci. Jean Snella le rejoint en tant qu'entraîneur après avoir dû stopper sa carrière suite à des maux de dos qui l'empêche de jouer. Côté recrutement, les verts font forts en recrutant l'un des gardiens stars de l'époque en France: Karel Finek.La direction reste la même mais maître Perroudon va malheureusement tomber malade et va donc laisser place à son adjoint: Eugène Cognet. Les verts réalisent un beau parcours en coupe Charles Simon mais se font malheureusement sortir en 16ème de finale face à Lille. Ils réaliseront même leur plus large victoire de la saison en 32 èmes de finale face à Beauvais en s'imposant 9-0. En championnat, ils réaliseront une saison moyenne en terminant 11èmes. Le stade Geoffroy Guichard connaîtra des belles soirées avec notamment presque 19 000 spectateurs contre le CO Roubaix-Tourcoing. Antoine Rodriguez sera le meilleur buteur des verts avec 21 buts. Il sera suivi de René Alpsteg (17 buts) qui aura même la chance de disputer 3 matchs sous les couleurs tricolores  et dans lesquels il inscrira deux buts.