1943-1945
Cette saison est dramatique puisqu'elle sonne malheureusement la fin du football profesionnel français. Avec une situation de crise telle que la France la connait à ce monent-là, Vichy décide de mettre un terme au football profesionnel en France. A la place, un championnat fédéral est créé là où des équipes regroupant des joueurs de toute la région évoluent. L'ASSE perd alors une grande partie de ses joueurs qui se retrouvent dans l'équipe régionale:le Lyon-Lyonnais. L'ASSE redevient donc une équipe amateur et évolue dans un championnat amateur. Pierre Guichard, qui était censé avoir démisionné, se révolte et trouve une parade pour éviter la réquisition des joueur.Son stratagème ne fonctionnera pas, et 4 joueurs seront donc définitivement radiés du football Français. Malgré cela, les verts réalisent un bon parcours en coupe Charles Simon et iront jusqu'aux 8èmes de finale, là ou ils se feront sortir par Nancy. En "championnat" les Verts finiront 3èmes avec 20 points. Ils s'imposeront notamment 10-1 face à Grenoble. Le meilleur buteur de l'équipe sera Ignance Tax avec 21 buts.
1944-1945
Cette saison marque la fin de la seconde guerre mondiale et donc le retour au format normal du championnat.Elle marque aussi la naissance de deux joueurs de l'ASSE qui deviendront iconiques: Ivan Curkovic né le 15 mars 1944 et de Gérard Farison né le même jour ! Les verts évoluent donc à nouveau dans un format de championnat comme les autres années.Ils sont dirigés par Maître Perroudon, et Ignance Tax garde son poste d'entraîneur. Les Verts comptent 10 arrivées pour le même nombre de départs cette saison-ci.La rivalité entre Stéphanois et Marseillais continue de plus belle puisque les Marseillais vont notamment infliger un 7-3 aux verts qui s'imposeront sur un score de 2-1 au match retour. En championnat les verts n'y arriveront pas en terminant 8èmes sur 12 et avec seulement 17 points. En coupe de France, ils se feront sortir par le Stade Clermontois (aujourd'hui devenu le Clermont Foot 63) en s'inclinant sur le score de 3 à 1. Le meilleur buteur des Verts sera Antoine Cuissard avec 13 buts.